de novo测序

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de novo测序

全基因组从头测序（Whole Genome de novo Sequencing ），是指对基因组序列未知或无近缘物种基因组信息的某个物种，构建不同插入片段的基因组DNA文库并对文库进行序列测定，然后利用生物信息学方法进行拼接、组装和注释，从而获得该细菌的全基因组序列图谱。洪祥提供基因组框架图测序，采用小片段建库，Illumina深度测序和初步的基因组组装策略，性价比高，满足微生物基因组研究基本需求。

技术流程

分析内容

序号	分析项目	类别	备注
1	数据整理	A
2	数据质控	A
3	高质量数据获取	A
4	基因组序列拼接与分析	A
5	蛋白编码基因预测	A
6	非编码RNA预测	A
7	其他非编码RNA预测	A
8	CRISPRs 预测	A
9	蛋白编码基因的序列比对	A
10	蛋白编码基因的GO注释	A
11	蛋白编码基因的eggNOG注释	A
12	蛋白编码基因的KEGG注释	A
13	蛋白编码基因的Swiss-Prot注释	A
14	原噬菌体预测	B
15	基因岛预测	B
16	致病菌毒力因子(VFDB）分析	B
17	抗生素抗性（CARD）分析	B
18	信号肽预测	B
19	跨膜螺旋预测	B
20	蛋白编码基因的Pfam 注释	B
21	蛋白编码基因的CDD 注释	B
22	蛋白编码基因的InterProscan 注释	B
23	基因组ANI比较分析	B	参考基因组数据≥1
24	泛基因组分析	B	参考基因组数据≥10
25	基因家族分析	B	参考基因组数据≥1
26	基于 16s rDNA 的系统发育树重构	B	参考基因组数据≥2
27	基于单拷贝基因的系统发育树重构	B	参考基因组数据≥2
28	基于 Mauve 的全基因组序列比对	B	参考基因组数据≥1
29	全基因组关联分析（GWAS）	B	参考基因组数据≥60
30	基因组数据上传	B	提供相关数据

备注：不同项目具体分析内容不同

A：标准分析内容
B：高级分析内容

样本要求

1）样品类型: DNA/菌体；

2）样品需求量: 菌体样本≥5g，基因组DNA：≥2μg

3）样品纯度: OD值260/280应在1.7-2.0

4）样品浓度: ≥30ng/µL；

5）样品包装: 用封口膜密封样品， DNA低温运输(-20°C)

应用领域

1.致病基因挖掘

挖掘与人类健康、畜牧业安全、植物保护、林业农业安全、生物除草相关病原菌的致病基因；

2.解读工业菌基因及机制

解读与酸奶发酵、能源利用、药物生产相关的工业菌中新菌株或优势菌株的功能基因及高产/环境适应机制；

3.探索进化、药用机制

探索物种进化机制（全基因组水平或线粒体和叶绿体水平）、古细菌的极端环境适应及进化理论、食用真菌的营养和药用机理。