细菌基因组重测序是指对基因组序列已知的细菌个体进行基因组测序，通过与已知的参考基因组比对，获得该细菌个体或者群体的差异的测序方法，这些差异主要包括SNP，InDel和SV。目前细菌基因组重测序被广泛应用于病原微生物的检测及鉴定、病原菌演变及起源、致病菌种群结构及种群结构的进化等众多方面。
技术流程
分析内容
| 序号 | 分析项目 | 类别 |
| 1 | 数据过滤、整理及质量评估 | A |
| 2 | 数据质控 | A |
| 3 | 高质量数据获取 | A |
| 4 | 参考基因组整理 | A |
| 5 | 序列比对 | A |
| 6 | 序列比对结果 | A |
| 7 | SNP检测 | A |
| 8 | SNP注释 | A |
| 9 | InDel检测 | A |
| 10 | InDel注释 | A |
| 11 | CNV分析 | A |
| 12 | SV分析 | A |
| 13 | 变异的可视化 | B |
| 14 | 基于全基因组SNP的进化分析 | B |
| 15 | 基因组序列拼接与分析 | B |
| 16 | 全基因组序列比对 | B |
| 17 | 耐药位点分析 | B |
A:标准分析内容
B:高级分析内容
样本要求
1） 样品类型: DNA/菌体；
2） 样品需求量: 菌体样本≥5g，基因组DNA：≥2μg
3） 样品纯度: OD值260/280应在1.7-2.0
4） 样品浓度: ≥30ng/µL；
5） 样品包装: 用封口膜密封样品， DNA低温运输(-20°C)
应用领域
1.快捷检测变异
精准快捷检测变异信息
2.全面了解变异信息
研究大范围内的海量菌株，系统全面了解菌株间的变异信息。
3.生态研究
进一步进行 物种进化 、种群特征、选择压力等研究
